明代卫所制有以下缺点：

1、卫所制度是一种军事组织形式。明太祖朱元璋的构想是恢复古代兵农合一之制，这实际上已经违反了自唐末以来兵农分离，军事专业化的大趋势，但是在明初国家战乱不休，急需军事人员物资的情况下，卫所制最大程度的调动了人员和物资。朱元璋曾说吾养兵百万，不费百姓一粒米，只是一种美好的愿望，实际上，士兵粮饷短缺的情况一再出现，与朱元璋的的设想形成鲜明对比。

2、军籍和民籍之分使得士兵无法落户。这一缺点造成了社会问题，而且世代为兵成为了一种沉重的负担。勾军和清军使得各地之人疲于奔命，路途上耗费了大量的生活物资，后来杨士奇上疏希望将兵源与戍地重新划分，以省民力。

3、将不识兵，兵不识将。为了防止武人形成私人势力，尤其是与地方势力的结合，所以明代的卫所也借鉴了西魏、北周、隋、唐的府兵制。结果造成了明代军事征伐中的配合与协调很难归于前线统帅。