1861年（咸丰十一年）9月5日，湘军攻陷安庆。9月25日，曾国藩移住安庆。12月20日，曾国藩奉旨督办四省军务，其巡抚、提镇以下悉归节制。同月，在安庆创办内军械所。二月十四日，左宗棠率军由江西入浙江。四月，李鸿章率军抵上海。五月，曾国荃率军进驻雨花台，会同彭玉麟的水师围攻天京。六月，洪秀全命令各地太平军回援天京，太平军集结二十万人兵力，十月起大战湘军四十多天，未能取胜。1864年7月，湘军破太平天国的天京，对无辜平民展开屠杀与抢掠，当时的南京城被烧毁，平民死伤无数。7月，朝廷加曾国藩太子太保、一等侯爵。曾国荃赏太子少保、一等伯爵，此起曾与平定太平天国战功居次之湖广总督官文双方形成集团政争白热化。八月，奏准裁撤湘军25000人。