行政处罚案件中审查的主要内容包括：

(一)本机关是否有管辖权；

(二)违法事实是否清楚；

(三)证据是否确凿；

(四)调查取证是否符合法定程序；

(五)是否超过行政处罚追诉时效；

(六)适用依据和初步处理意见是否合法、适当。

【法律依据】

《行政处罚法》第三十六条规定，除本法第三十三条规定的可以当场作出的行政处罚外，行政机关发现公民、法人或者其他组织有依法应当给予行政处罚的行为的，必须全面、客观、公正地调查，收集有关证据；必要时，依照法律、法规的规定，可以进行检查。