对未成熟的植物种子的保护作用，对动物的口腔产生强刺激，使它不敢采食。辣椒成熟后它的辣椒素的含量会降的很低甚至几乎没有。

例如：普通的大辣椒，成熟后，变成红色，将内部的种子和胎座去掉后，可以发现辣椒的果肉是甜的。

辣椒素是辣椒的活性成分。它对哺乳动物包括人类都有刺激性并可在口腔中产生灼烧感。辣椒素和与其相关一些的化合物并称为辣椒元，它们是辣椒产生的次级代谢产物，可能为了对草食动物形成威慑。一般鸟类都不对辣椒元敏感。纯辣椒素是一种斥水亲脂、无色无嗅的结晶或蜡状化合物。