在第三新东京市的地下发现了巨大的空洞空间，空洞底下是后来nerv的最终禁区，就以此作为迎击使徒来袭的要塞都市。第三新东京市地表的大楼几乎都是给eva机体提供支援和补给用的，各处都有eva专用装备，总部发射eva至地面的发射口，电源插头。在新剧场版里还有太阳能发电的大楼，城市四周还有防御用的金属板。城市周围也配备了很多人类用的自动武器对使徒进行攻击。还有eva维修的部门等，都需要聚集在一起。各种工作人员，还有为nerv服务的第三产业人员们也需要生活区域，在动画初期还有很多普通市民住在第三新东京市，但后来随着战斗烈度扩大，很多市民都搬走了，所以最后就有了第三新东京市这个要塞都市，完全为了迎击使徒而存在。