药物一、保护受损食管黏膜的药物。已经受损的食管黏膜需要修复和保护。硫糖铝或碳酸铝镁制剂可以有效保护食管黏膜，但要注意使用方法。服这类药时不能大量用水冲服，而应让其以凝胶状，借助自身重力和食管蠕动，均匀地分布到食管黏膜上。

药物二、根治幽门螺杆菌的药物。食管炎病人，在知道自己同时有幽门螺杆菌感染时，都强烈要求医生立即剿灭它。殊不知，幽门螺杆菌产生的铵，有中和胃底食管连接处局部酸环境的作用，可能减轻酸对食管的腐蚀。而立即根治幽门螺杆菌，反而可能会加重酸反流。所以，应选择在食管炎基本控制后的适当时机杀灭幽门螺杆菌。

药物三、促胃动力的药物。胃液里的其他成分包括从十二指肠反流到胃液里的胆汁也是引起食管炎的原因。促胃动力药在维护食管下端高压带压力方面的作用非常重要。这样的药物在起初使用时可能会出现腹部疼痛和拉稀的情况，不过继续使用或是通过调整剂量就会消失。