农村土地确权纠纷的主要问题有：

1、承包面积小于实际种植面积；

2、承包地被依法征用；

3、无法复垦的承包地；

4、被公益事业占用的承包地；

5、进行土地调整的承包地；

6、因子女结婚分户的承包农户；

7、因离婚分户的承包户；

8、人员变动的情况的承包户；

9、主动放弃二轮承包经营权的承包户；

11、不符合分田条件的农户；

12、有家庭人员死亡的承包户；

13、代种他人承包地的承包户；

14、已承包到户集体土地；

15、采取方式流转承包地的承包户；

16、进行综合整治的土地；

17、出现历史遗留纠纷的土地。

【法律依据】

《土地管理法》第八条，农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于，农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理。