天然蜂蜜保质期为18到24个月。但蜂蜜的保存时间与保存方法密切相关，保存得当的蜂蜜放置很多年都不会变质。蜂蜜容易吸水，因此保存时应密封放于阴凉干燥处。蜂蜜呈弱酸性，会与金属发生反应。因此储存的容器应使用非金属制品。蜂蜜表面上出现一层气泡且伴有味道上的变化，则说明已经变质。变质的蜂蜜味道发酸，且伴有发酵的味道。变质蜂蜜不能食用，但轻微变质的蜂蜜可用于酿酒、加水浓缩或浇花，严重变质的蜂蜜则应尽快扔掉。