主要原因：

1、从统治基础上来说，南京所在的江浙地区，有很多心理上支持怀念建文帝的文士。

2、南京地处长江下游，在军事防御上处于不利的地理位置。

3、当时北方的蒙元残部，才是明王朝最大的劲敌。出于国防考虑，朱棣决定采取“天子守边”的方式，用行政手段将全国的人力物力向北方边境进行集中。

4、朱棣的个人感情因素。他曾长期生活在北平，对北平感情很深，视那里为龙兴之地。