1、概念不同：付款凭证是用于记录库存现金和银行存款付款业务的记账凭证。收款凭证是用于记录库存现金和银行存款收款业务的记账凭证。转账凭证是用来记录除现金、银行存款以外的其它经济业务的记账凭证。

2、性质不同：付款凭证是用于付款的。收款凭证是用于收款。转账凭证是转账给别人。

3、填制方法不同：付款凭证的格式及填制方法与收款凭证基本相同，将凭证的借方科目与贷方科目栏目交换位置，填制时先填写贷方科目的现金或银行存款科目，再填写作为与付出现金或银行存款相对应的一级科目和二级科目。转账凭证是在借贷记账法下，将经济业务所涉及的会计科目全部填列在凭证内，借方科目在先，贷方科目在后。