皇太极在五十岁时，因他心爱的宸妃之死，身体立刻变得虚弱了。皇太极一生娶了十五位妻子，而他最喜欢的是天聪八年娶的博尔济吉特氏，崇德元年封她为关雎宫宸妃。这位妻子贤淑文静，皇太极和她颇恩爱，婚后曾生一子，皇太极高兴至极，为此发布了大清第一道大赦令。

崇德六年九月，皇太极正在松锦前线，忽听宸妃病危，急忙赶回盛京，到时宸妃已死。皇太极悲不自胜。从此这位身体一直健壮的大清帝忽而昏迷，忽而减食，常常“圣躬违和”。当年十月初二日，他对诸王及他们的妻子儿女说：“山峻则崩，木高则折，年富则衰，此乃天特贻朕以忧也。”这流露出皇太极已为他年老体衰而不安了。

崇德六年以后，皇太极因身体不好，曾发布过大赦令，也减少了处理日常事务的负担，甚至做过祈祷。

崇德八年八月九日，劳累一生的皇太极终于因病在沈阳清宁宫与世长辞，享年五十二岁。后葬于昭陵，即今沈阳北陵。庙号太宗，谥为文皇帝。