外观不同：黑豆的个头比黑芸豆大，而且大部分黑豆是圆粒（也有部分品种接近椭圆形），黑芸豆则是稍扁的椭圆粒型。真正的黑豆豆皮乌黑，但是无亮光，种脐也不明显，而黑芸豆的豆皮又黑又亮，种脐则有明显的白色带。

豆仁颜色不同：黑豆与黑芸豆的豆仁颜色是不同的，这是两者最明显的区别。黑豆的豆仁呈黄色或绿色，而黑芸豆的豆仁呈白色，白中带青黑色。

浸泡后水的颜色不同：黑豆泡水后是红色的，而且颜色会随着PH值发生变化，黑芸豆泡水后是紫黑色的，掉色比黑豆厉害。

类别与营养价值不同：黑豆属于大豆类，和黄豆一样，可以生芽当芽菜吃，可以补肾，脂肪含量比较高。黑芸豆属于小豆类，也叫淀粉豆，含淀粉高，和红小豆、绿豆等属于一类。黑芸豆比较适合用来做粥，没有药用价值，只能管饱。黑豆可以发豆芽，打豆浆或做成豆制品食用，而且是药食两用的豆类，可用于食疗养生，比如做醋泡黑豆，就必须要用黑豆才行。

产地不同：黑豆是中国原生豆；而黑芸豆原产美洲的墨西哥和阿根廷，我国在16世纪末才开始引种栽培。

口感不同：黑豆口感类似黄豆，较硬；要炖较久才能吃。黑小豆则较容易炖烂，且很面，口感好，老人、孩子都喜欢。