1、占置空间较大，冷凝器通常用在大型的燃气内锅炉，原理是回收利用燃烧过后的废气余温，用于预热冷水的。但是为家用热水器一般燃烧功率较小，体积小，没有预混空间。

2、使用年限较短，废气直接腐蚀加热盘管，导致冷凝式燃气热水器使用寿命短，用3到4年就完全损坏，在家用方面的利用效率不大。

3、容易污染环境，冷凝式燃气热水器在使用过程中是要排具有腐蚀性的冷凝酸水，如果处置不当，易导致酸水不经处置流入地表，损害绿色植被，和污染地下水。