因为琴是被狼叔刺死的，而不是被x教授杀死的。这和谁的能力大小无关，当时凤凰女处于失控状态，如果不阻止她的话所有人都会死亡。因此金刚狼为了拯救众人，不得已将凤凰女杀掉，此时的凤凰女是有意识控制自己不要反抗的，所以才会被金刚狼阻止。