1、水稻恶苗病最主要的初侵染源是带菌种子，其次是病稻草。种子萌发后，病菌就从秧苗的芽鞘、根和根冠或伤口侵入，植株伤口有利于病菌侵入，会引起秧苗发病徒长；带病的秧苗移栽后，引起稻苗发病；同时，病株产生的分生孢子借助气流可进行再次侵染，使谷粒和稻草带病菌，形成循环侵染，为害水稻。

2、高温为水稻恶苗病发生创造条件。这种病害的病菌喜欢高温，高温对水稻恶苗病病菌繁殖、侵染及发生极为有利。土温在30-35℃时病苗出现最多，25℃时病苗出现少，种子和秧苗有外伤时，有利于病菌侵入。

3、在相同条件下，种子带菌率极高，品种间发病差异明显，粳稻发病明显重于籼稻，不同品种的平均病株率0.07%-2.8%之间。

4、水稻恶苗病病原菌属子囊菌。播前浸种时带菌种子上的分生孢子污染无病种子而传染是一方面；另一方面水稻收割机械化程度极高，收获后秸杆还田技术培肥地力的同时，也增加了病残体上病菌在田间和种子上的积累。