分两种情况：

驾驶摩托车者有摩托车驾驶证，则和汽车驾驶证没有关系，摩托车违章就扣摩托车驾驶证的分。驾驶摩托车者没有摩托车驾驶证，只有汽车驾驶证，则与汽车驾驶证有关，属于准驾不符，汽车驾照会被扣12分。《交通违法行为记分分值》规定一中表明机动车驾驶人有下列违法行为之一，一次记12分：

驾驶与准驾车型不符的机动车的。饮酒后驾驶机动车的。驾驶营运客车、校车载人超过核定人数20％以上的，但不包括公共汽车。造成交通事故后逃逸，尚不构成犯罪的。上道路行驶的机动车未悬挂机动车号牌的，或者故意遮挡、污损、不按规定安装机动车号牌的。