短期适宜冷藏，长期适宜冷冻。吃不完的榴莲最好放入冰箱低温保存，一般放在冷藏室保鲜要保留榴莲的外壳，可以更好避免细菌滋生，防止榴莲味道的损失。但保存时间不如冷冻长，只能放3天左右。而将榴莲肉剥出来，然后放在保鲜盒内冷冻，可以存储3个月之久。

冷藏鲜甜软糯保留原味，冷冻软棉冰凉似有冰激凌口感。放冰箱冷藏的榴莲虽然存放时间没有冷冻榴莲那么长，但可以保留榴莲原本的软糯味道，适合喜欢吃榴莲原味的人存放；而部分人喜欢吃冻榴莲那种先硬后软爽滑的冰激凌口感，可将榴莲放入冷冻室保存，食用口感也别具风味。