元朝灭亡后，蒙古旧部退回了蒙古，史称北元，它又逐渐分三支势力，为东西蒙古和兀良哈三卫。其中西蒙古，即瓦刺，力量最强大，想统一蒙古，一直和明朝作战，最有名的战争是是土木堡之变。

明成祖多次深入大漠亲征，谁强打谁，保持平衡。此后，历代“成吉思汗”都是由明朝册封的。永乐时代蒙古是游击队，东躲西逃正统时代蒙古打到了北京城下，抓住了明朝皇帝。弘治时代，蒙古内讧越演越烈。嘉靖时代，蒙古又来京郊抢劫。隆庆时代，蒙古名义上当了明朝的臣子。万历时代，蒙古先后被李家军和后金军打败。