1、比较大，依据刑事诉讼法的规定，检察机关将案件退回公安机关补充侦查两次后，证据还是不足的，一般会作出不起诉的处理决定。检察院第二次退回公安进行补充侦查后，公安应当在1个月内侦查完毕，再次将证据材料提交给检察院。

2、人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕。补充侦查以2次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。