第一：肝囊肿如果没有感染或胆汁潴留，可以自行吸收。否则需要做穿刺引流或手术引流。炎症性肝囊肿需要手术治疗原发病如胆管结石、胆道狭窄等。肿瘤性肝囊肿常常需要手术进行切除。肝包虫性囊肿需要手术治疗。

第二：先天性肝囊肿绝大部分都不需要处理，只需要定期观察。一部分生长较快、囊肿较大、伴发感染、出现症状者需要处理。先天性肝囊肿处理的原理很简单，就是把“水球”内的水引出来或让其不再产生水。

第三：小一点的囊肿通过穿刺注入无水酒精、破坏囊肿上皮细胞，使其不再产生水，囊肿也就不会长大了。大的囊肿可通过微创手术（腹腔镜）在囊肿上开一个口子，让水引流至腹腔，水就可以吸收了。有些囊肿需要切除部分肝脏。