1998年9月15日，新浙江大学宣告成立，即是浙江大学、杭州大学、浙江农业大学和浙江医科大学四所高校合并组建新浙江大学。

20世纪90年代初，我国政府就高等教育提出了“共建、调整、合作、合并”的方针，对高等教育管理体制和结构布局进行调整。在这个情况下，任浙江农业大学校长的朱祖祥院士和浙江大学副校长王启东教授，在1996年的全国人大会议上提出将原来分开的4所大学重新合并组建新的浙江大学的提议，得到了中央领导、教育部和浙江省政府的支持。但四校合并涉及到很多的利益调整。

9月15日，新浙江大学正式成立。仅用半年，原有四校的行政机构调整整合完毕。一年内，学科调整完毕。在这段时间，有相当数量的大学实行了合并，社会争议很多，但是对于浙江四校的合并，社会各界普遍认为是成功的。

新浙江大学合并两年后，学校的事业就有较大发展，教育部曾以“新浙大成立两年，各项事业取得新进展”为题发文件加以肯定。