密码子的使用偏好指的各种生物体偏爱使用三联密码子(即编码相同氨基酸的密码子)的现象。密码子，即信使RNA链上决定一个氨基酸的相邻的三个碱基，亦称三联体密码。由于密码子的简并性，每个氨基酸至少对应1种密码子，最多有6种对应的密码子。不同物种、不同生物体的基因密码子使用存在着很大的差异。