南方红豆杉是中国亚热带至暖温带特有成分之一，在阔叶林中常有分布。耐荫树种，喜温暖湿润的气候，通常生长于山脚腹地较为潮湿处。 自然生长在海拔1000米或1500米以下的山谷、溪边、缓坡腐殖质丰富的酸性土壤中，要求肥力较高的黄壤、黄棕壤、中性土、钙质土也能生长。耐干旱瘠薄，不耐低洼积水。对气候适应力较强，年均温11至16摄氏度，最低极值可达零下11摄氏度。具有较强的萌芽能力，树干上多见萌芽小枝，。但生长较缓慢。病虫害少，寿命长。