1、电泳主要用于电解质和带有电荷的胶体；层析主要用于非电解质,如各种有机物。

2、层析是根据分子大小不同从而实现分离，所以它的分子筛效应是大分子进不去先出去，小分子后出去。而电泳是根据带电分子在电场中受力不同以致移动速度不同从而实现分离，所以它的分子大小适中都可以进进入层析柱中的空隙。

3、层析靠蛋白质在固定相与流动性之间反复分配实现分离，与溶解性有关；电泳与所带电荷及分子形状有关。