海关垂直管理体系的意思是：就是由上级或中央直接管理，地方政府管不着。垂直管理确实有一些好处，如摆脱来自地方政府的掣肘，提高行政执法效率等。海关、国税等部门，由于其职能的特殊性，对其进行垂直管理具有某种天然的合理性和必要性。