运输发票的办理流程如下：

1、已在税务局办理税务登记证的个人，可以直接申请代开货物运输业增值税专用发票。

2、未在税务局办理税务登记证的个人，可以先申请办理临时税务登记，再申请代开货物运输业增值税专用发票，不申请办理临时税务登记的，只能申请代开增值税普通发票。

运输发票一般是运输发票税额，是对增值税一般纳税人外购货物或销售货物（固定资产除外）所支付的运输费用（代垫运费除外），根据运费结算单据（普通发票）所列运费金额，依9%的扣除率计算进项税额准予扣除，但随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费不得计算扣除进项税额。