原子晶体都有共价键，分子晶体不一定有共价键。分子晶体是通过分子间作用力构成的晶体，分子间的作用力包括范德华力和氢键。

分子间作用力，部分晶体中存在氢键。分子间作用力的大小决定了晶体的物理性质。分子的相对分子质量越大，分子间作用力越大，晶体熔沸点越高，硬度越大。分子内存在化学键，在晶体状态改变时不被破坏。分子间内部微粒采用紧密堆积方式排列。