污水生物除磷的原理是通过厌氧段和好氧段得交替操作，利用活性污泥的超量吸磷特性，使细胞含磷量相当高的细菌群体能够在处理系统的基质竞争中取得优势，剩余污泥的含磷量达到百分之三到百分之七，进入剩余污泥的总磷量增大，故处理出水的磷浓度明显降低。