独山子区地形呈斜条状，南北长，东西窄，西北高，东南低，绝大部分地区为戈壁滩，海拔在500米以下。平均海拔400米左右，最低点在艾里克湖，海拔250米左右。市区西部有加依尔山、青克斯山，北边有阿拉特山，中部、东部地形开阔平坦，向准噶尔盆地中心倾斜，南部独山子为山名，地处独山子区中西部，海拔为1283米。