二者主要有以下几种区别：

1、《孙子兵法》是一本兵书，由孙武所著，而孙吴兵法则不是指某一本书，而是指孙武与吴起所著兵法著作的统称；

2、《孙子兵法》书中所述主要为孙武的兵家思想以及策略，孙吴兵法则不仅包换了所有孙武的思想，同时也有亚圣吴起的思想；

3、《孙子兵法》成书的目的在于传授与继承，而孙吴兵法则主要用于研究比较之用，将孙武与吴起的战略做比较。