综合南北方志的记载，灾变的端倪可追溯至嘉靖前期，万历十三年开始变得明显，但时起时伏，1600年前后开始骤然加剧，到了崇祯年间，旱灾变得越来越频繁，先后发生了八次大的灾荒，全国范围内粮食欠收，有地方甚至绝收，同时大灾之后的瘟疫也开始蔓延，波及华北数省的鼠疫起先在山西爆发，一直蔓延到了京畿地区。万历朝末年起，自然灾害就一个接着一个，旱灾、水灾、蝗灾、地震就没有消停过，一个地方刚刚结束，另一个地方又开始。