区别主要有以下几个方面：

1、制作方法：烤鸭蛋通过慢火烤制的方式制作，原料为鸭蛋、饮用水 、食盐、茶叶；咸鸭蛋是将鸭蛋放一坛子中，水刚满过鸭蛋，放入约鸭蛋重量一半的盐巴，密封起盖口，腌制7到10天而成，原料为新鲜鸭蛋、食盐。

2、营养成分：烤鸭蛋含有较多的维生素B2，是补充B族维生素的理想食品之一；咸鸭蛋含有蛋白质、磷脂、多种维生素和矿物质。

3、口味不同：烤鸭蛋的味道是焦香味，咸鸭蛋的味道是咸味。