澜沧江水系主要由干流和众多的支流组成，流域面积大于100平方千米的支流有138条，流域面积大于1000平方千米的支流有41条，较大的支流一般分布在上游和下游。一般支流较短，多为20至50千米，天然落差特别大，一般在2000-3000米。

主要支流有：子曲、昂曲、盖曲、麦曲、金河、FDC3江、漾濞江、西洱河、罗闸河、小黑江、威远江、南班河、南拉河等。

澜沧江支流特点是落差大、水资源丰富，上中游降水量少，有雪水补给，水量稳定，下游地处热带、亚热带气候区，降水量大，水量充沛，但缺乏调节水库，以引水式开发为主。