原因如下：

军机大臣本就是实权职务，军机大臣手中的权力几乎等同于皇权，并且不受任何制约。自军机处设立，军机大臣就取代内阁大学士成为清朝事实上的宰相；军机处总揽机要，还有向皇帝推荐官吏的权力，权限凌驾于内阁和六部之上。各地的奏章由军机处票签后才呈请皇帝批示，皇帝的谕旨，凡属机要，都是由军机处进行草拟。