两者的法律依据不同：免予刑事处罚所依据的是《刑法》三十七条的规定，而无罪判决所依据的是《刑事诉讼法》第一百六十二条的规定，一个为实体法，一个为程序法；两者的适用条件不同：《刑法》第三十七条规定免予刑事处罚要符合两个条件：一是犯罪情节轻微，二是不需要判处刑罚，只有当两个条件同时符合时，才能适用免予刑事处罚；两者的法律后果不同：免予刑事处罚是人民法院认定某种行为构成犯罪，但因犯罪情节轻微，而判决免予刑罚的一种处罚，是人民法院以被告人构成犯罪为前提，以犯罪情节轻微不需要判处刑罚为概括性条件的司法选择。法律规定应当免除刑罚的，必须判决免除刑罚，免于刑事处罚，是有罪而免罚，仍然构成刑事犯罪。而无罪判决是当嫌疑人被羁押时，应当立即释放，无罪无需承担刑事责任，不受刑事处罚。