公共选择理论的方法论归结为三个要素：个人主义、经济理性和交易政治。

个人主义是微观经济分析的出发点，同样也被看成是集体行为的出发点。公共选择注重于分析个人行为，如投票人、政治家和官员的行为，分析个人行为如何通过政治过程而对整个经济产生影响。

经济理性原则认为，人是利己主义的，追求个人利益和效益最大化，其活动受个人利益驱动与导向。公共选择理论认为人们在政治领域中也是如此，因此由个人组成的国家或政府不应被看成是以大众利益服务为目的的。

交易政治认为，政治在公共选择理论中被视为一个在解决利益冲突时进行交换达成协议的过程，含有交易的性质。