军机处设军机大臣，称为“军机处行走”、“军机大臣上行走”，无定员，多者六、七人，一般以特选的大学士、尚书、侍郎等官充任，清末也有亲王入选。领班的军机大臣叫作“首揆”。

军机大臣在军机处轮班值日，准备皇帝随时召见，商议军国大政。军机大臣也要根据皇帝意见拟定谕旨，发布到有关部门，叫作廷寄。当时，内阁发出的各种文件叫“明发”，相比之下，军机处的廷寄较明发具有勤、速、密的突出特点。

对于资历浅的军机大臣，授予“军机大臣上学习行走”，其地位稍低，班次在后。军机大臣的僚属称为军机章京，俗称小军机，主管军机处的日常文书工作、撰拟谕旨、文稿等。

军机处，亦称“军机房”、“总理处”。是清朝中后期的中枢权力机关。

雍正七年，用兵西北，以内阁在太和门外，恐漏泻机密，始于隆宗门内设置军机房，选内阁中谨密者入值缮写，以为处理紧急军务之用。十年，改称“办理军机处”，简称“军机处”。