在漫长的生物进化过程中，各种生物形成了相对稳定的相互关联的系统。因此，部分生态学家认为，在自然界，生物无益害之分。通常所指的有害生物是指对人类的利益造成损害的生物，即对人体健康、农业安全生产及生态系统等有害的物种。植物检疫就是为了防止有害生物的传入和扩散。根据《国际植物保护公约》（InternationalPlantProtectionConvention，IPPC）出版的《植物检疫术语》的定义，有害生物（pest）是指任何对植物或植物产品构成伤害或破坏的任何植物、动物或病原体的种、株（品系）或生物型。

植物有害生物通常可分危害虫、病原真菌、病原原核生物（细菌、植原体、螺原体）、植物病毒（病毒和类病毒）、杂草、病原线虫、软体动物和其他有害动物等若干类。外来物种和转基因生物可以是有害生物，也可以是非有害生物，如果它们能够对农林生产和生态环境造成危害就是有害生物。