朱守谦旧习不改，“豪夺暴敛，号令苛急”，引起当地百姓的怨恨。地方官的告状信直接递到了皇帝的手上，朱元璋“犹不忍致罪”，于是将朱守谦从云南召还，再次将他贬居凤阳。朱守谦在凤阳也不老实，经常向民间强取牧马，被守护凤阳祖陵的官员告到朱元璋那里。朱元璋只好将朱守谦召到京师加以禁锢，以便自己在繁忙的公务之余教训他。几年后的洪武二十五年正月，朱守谦死于京师，年仅31岁。