主要由于语言与文献的消失。古埃及被马其顿亚历山大征服，进入“希腊化”时代，希腊语成为官方语言，古埃及语言文字受到的影响逐渐扩大。公元前1世纪下半叶罗马征服埃及后，埃及古文献在罗马内战中大部被毁，拉丁语的推行更挤压了古埃及语的存在空间，尤其是基督教被确立为罗马帝国官方宗教后，对古埃及语言文化影响重大的多神教受到压制。

529年查士丁尼皇帝关闭了所有多神教与世俗文化中心，古埃及文化更加式微。644年埃及被新兴的阿拉伯势力征服，居民改用阿拉伯语言，改信伊斯兰教，古文献再次遭到毁坏，最终荡然无存。

语言与文献的消失，使得以语言与文献为载体的传统信仰与价值观念随之消失；伊斯兰教的确立更使得埃及成为穆斯林世界的一部分，古埃及文明遗产所承载的信仰与价值观不复存在。