吉林大学数学系以基础数学专业的泛函、代数、拓扑三个教研室为基础而组建的。基础数学专业创立于1952年。积极开展数学研究和数学教育，不仅为国家培养了大批优秀的数学人才，而且承担了多项国家级科研项目，取得了一批在国内外有影响的教学和科研成果，为我国数学研究和教育做出了重要贡献，吉林大学的基础数学在国内产生了重要影响。于1981年成为我国的第一批博士点，并于1988年被批准为国家重点学科。