民办高校和独立学院都在三本录取。只不过，独立学院一般还有公办院校的合作背景,由普通本科高校申请者与社会力量合作者，包括企业、事业单位，社会团体或个人和其他有合作能力的机构合作举办的进行本科层次教育的高等教育机构。两者区别不大。