纵贯非洲大陆东北部，流经布隆迪，卢旺达，坦桑尼亚，乌干达，埃塞俄比亚，苏丹，埃及，跨越世界上面积最大的撒哈拉沙漠，最后注入地中海；流域面积约335万平方公里，占非洲大陆面积的九分之一，全长6650公里，年平均流量每秒3100立方米，流域分为七个大区：东非湖区高原、山岳河流区、白尼罗河区、青尼罗河区、阿特巴拉河区、喀土穆以北尼罗河区和尼罗河三角洲；最远的源头是布隆迪东非湖区中的卡盖拉河的发源地，该河北流，经过坦桑尼亚，卢旺达和乌干，从西边注入非洲第一大湖维多利亚湖，尼罗河干流就源起该湖，称维多利亚尼罗河，河流穿过基奥加湖和艾伯特湖；另一条源头出中央埃塞俄比亚高地的青尼罗河，与白尼罗河在苏丹的喀士穆汇合，然后在达迈尔以北接纳最后一条主要支流阿特巴拉河，称尼罗河河水出水库经埃及首都进入尼罗河三角洲后，分成若干支流，最后注入地中海东端。