依据生物活性物质分子本身的理化特性，如溶解度、带电性、大小、挥发性等进行分离纯化。

动物的生理活性物质提取分离比较复杂，方法多种：如盐析法、电泳法、高速离心法、受体识别法等。

植物的活性物质的提取多采用：溶剂法、水蒸汽蒸馏法、超临界二氧化碳提取分离法、萃取法。