可以用手动清除法。加强换水频率或者用杀菌灯，减少水中孢子类的数量，换水时尽量接近泥面，清除干净粪便之类的，同时要把已经有黑毛藻的叶子剪掉，减少扩散。过量的生物也是藻类产生的一大原因。

黑毛藻又称刷毛藻，是草缸里比较多见的藻类之一且是草缸中最难清除的藻类之一，对水草有一定的伤害，影响整个草缸的美观。黑毛藻产生的原因大多是因为初期水草缸的生态平衡没有建立好，给了黑毛藻可乘之机。