自吸泵吸水的原理是在自吸泵起动以后，靠快速旋转的自吸泵叶轮使自吸泵内的液体呈旋涡状的流动，将自吸泵的叶轮人口处的空气卷入到泵腔，与水液混合形成泡沫状的气液混合液。由于自吸泵叶轮旋转的离心力的作用，气液混合液不断向外甩出，沿自吸泵的涡壳流动。

由于自吸泵的泵舌与叶轮之间的间隙非常小，它会对混合液起阻挡作用，所以一大部分的混合液沿内通道被送至排液口。在排液口设有截面宽敞的气水分离室，因此混合液进入气水分离室之后，流速将会减慢。又因气、液的比重差别，较轻的气体被分离上逸，从排液管及排气管排出。