《棋魂》结局是光与佐为成天下棋，棋艺日夜增长，佐为也发现了自己在世上的时间已经不久了。他害怕，他还想下更多的棋，不愿承认小光棋艺高强。

在最后的时间里，他恳求着与小光下棋，却被小光认为佐为任性。一个清晨里，佐为恳求着与小光下棋。这盘棋，是最后的一盘棋，还未下完，佐为便已消失。佐为消失后，小光去了棋院，去了秀策的故居，只为寻找佐为的足迹，但是却找不到。

在那之后，小光有一段时间的消沉，不愿面对围棋。在朋友的帮助下，小光从围棋中感受到了佐为的存在，又有了对围棋的热情。在一个梦境里，小光见到了佐为，佐为似是想说些什么，最后却释然了，把跟随自己许久的折扇交给了小光。