可作为灭菌指标的是芽胞，芽胞对热、干燥、化学消毒剂和辐射等理化因素有较强的抵抗力，有较强的稳定性和耐热性，一般细菌繁殖体在80℃的水中迅速死亡，芽胞在100℃的沸水中能存活数小时，在自然界中，芽胞能存活数十年，所以医疗实践中常以杀灭芽胞作为消毒灭菌是否彻底的指标。

在一定条件下，芽胞杆菌属（如炭疽杆菌）及梭状芽胞杆菌属（如破伤风杆菌、气性坏疽病原菌）能在菌体内形成一个折光性很强的不易着色小体，称为内芽胞（endospore），简称芽胞。

尽管芽胞与孢子的英文名称均为spore，但二者的界限从来就没有混淆过，微生物学界也不曾有过分歧意见。

恶劣环境下，一个细菌产生一个芽孢，条件适宜时重新成为一个细菌，数量没有增加，因此芽孢不是细菌的繁殖体，是休眠体，因此称作“芽胞”更为确切。