目前，长江中下游已有湖北、江西、安徽、江苏等省建立了6个江豚自然保护区。2005年，农业部拨专款350万元给岳阳，筹建“岳阳东洞庭湖长江江豚市级自然保护区”。南京长江江豚省级自然保护区成立后，经南京市人民政府批准，成立南京市豚类自然保护区管理站、南京市豚类自然保护区管理站科研分站，江宁、浦口、栖霞、六合沿江四区相继成立南京市豚类自然保护区管理分站，实现保护与管理工作全覆盖。保护区采用和当地渔政部门合署管理方式，实行“一套人马，两块牌子”。南京长江江豚省级自然保护区以基础设施建设和规范化管理为重点，积极开展执法巡护、科研监测、科普宣传、涉水工程监管、水域生态修复等各项工作，提升保护区的管理水平和管护效果，得到各级政府部门及社会各界的认可，在2016年度全国50多个省级水生生物自然保护区管理工作考核成绩中名列第二。