小丑鱼体表有一种黏液，可以抵抗海葵的毒素。海葵为小丑鱼阻挡大型鱼或天敌的攻击，为它提供生存之地、产卵繁殖；同时，海葵吃剩的食物还能提供给小丑鱼。小丑鱼能赶跑鲽鱼等吃食海葵的鱼类，亦能吸弓|其他鱼类前来作为海葵的食物，还能帮海葵去除坏死的组织和寄生虫。

小丑鱼并不是唯一雌雄同体的动物，但它们是为数不多的雄性可变成雌性，雌性无法变成雄性的物种。每个小丑鱼种群都有一个统治地位的雌性和几个成年雄性，后者在青年期是雌雄同体。

如果具有统治地位的雌性死亡，其中一只成年雄性将经历荷尔蒙变化，转变成为该种群中的新雌性。在产卵期，公鱼和母鱼有护巢、护卵的领域行为。其卵的一端会有细丝固定在石块上，一星期左右孵化，幼鱼在水层中漂浮一段时间之后，才会栖息到海葵等共生性生物上。